尽管山水盆景以山石为主，但由于山石上点缀了植物，因此与树木盆景同样地需要进行养护管理。同时，由于山石上栽植植物一般用土较少，生长条件受到限制，更需精心管理。管理方法与树木盆景基本相同，但应特别注意下列几点措施：
（１）喷水：平时除了将盆中贮满清水以外，还须对整个山石经常进行喷水，尤其是吸水不良的硬质石料作成的盆景，山石上的植物全靠人工喷水养护，稍有疏忽，就造成植物枯萎。对于用吸水性能好的松质石料作成的盆景，可适当减少喷水的次数。
（２）施肥：山石上栽植的植物不仅土少，而且不便换土，因此植物生长所需的养分很容易缺乏，必须注意经常施肥，才能生长良好。肥料选用稀薄的液肥，便于浇施，也可将山石放在肥水中浸透，再将表面用清水冲洗干净。
（３）放置：山水盆景上的植物一般土少、根浅，不宜暴晒，也不耐严寒。夏季必须注意遮荫，要放置在半阴处；冬季注意防寒，一般不宜放在室外。平时应放在光线充足，通风良好，便于观赏的场所。
山水盆景除了注意植物的养护管理外，还要注意盆中的清洁，盆中贮水须经常换，并将盆内清洗干净，增加盆景的观赏效果。在搬动山水盆景时，要注意小心轻放，特别要防止损坏山石基脚部分。
